Junto com a Superintendência de Atenção Primária, a Gerência de Estratégias Transversais trabalha com promoção e prevenção à saúde. Ela atua como articuladora intersetorial, monitorando e contribuindo com a ação de oito coordenações de políticas transversais.

São elas: Coord. de Saúde Bucal, Coord. da Pessoa com Deficiência; Coord. do Programa Estadual de Imunização; Coord. de Segurança Alimentar; Coord. da População Carcerária; Coord. das Doenças Crônicas e Degenerativas; Coord. do Chapéu de Palha e Coord. do Convergir e Populações Remotas.

O objetivo é integrar as ações dessas coordenações, fortalecendo a Atenção Primária territorial. Com os setores trabalhando em consonância, os resultados aparecem mais rapidamente e de forma ampla, atingindo a integralidade do indivíduo.

A Gerência de Estratégias Transversais ainda faz assessoria técnica e acompanha as ações dos Municípios que aderiram ao Programa Saúde na Escola (PSE).