A Secretaria Executiva de Coordenação Geral tem sob sua responsabilidade direta o planejamento, orçamento, as informações estratégicas da SES e política de Ciência e Tecnologia, além de coordenar as ações das 12 Gerências Regionais de Saúde (Geres). Criado em 2008, o órgão teve como missão coordenar ações que envolvessem as outras secretarias-executivas, dando maior coesão e integração aos projetos considerados prioritários pelo secretário estadual de saúde.
 
A secretaria-executiva é composta das diretorias gerais de Planejamento, Informações Estratégicas, Gestão Regional e Ciência e Tecnologia. Ao todo, 38 pessoas estão vinculadas ao órgão.
 
Secretaria-Executiva de Coordenação-Geral
Secretária-executiva: Ana Cláudia Callou
Telefone: (81) 3184.0148