O controle das doenças sexualmente transmissíveis (DSTs), das hepatites virais, do vírus HIV e da Aids. Essa é a principal atribuição do Programa Estadual de DST/Aids, que coordena e executa atividades para prevenção, diagnóstico e tratamento dos casos. O trabalho é feito em parceria com diversos setores da Secretaria Estadual de Saúde (SES), coordenações municipais e entidades da sociedade civil organizada que trabalham com esses agravos. Há, também, consonância com os princípios do SUS, promoção dos direitos humanos e combate à discriminação e ao preconceito de gênero, raça, cor ou orientação sexual.

O Programa trabalha com ações de prevenção como elaboração, reprodução e distribuição de material informativo, folders, cartazes, cartilhas, realização de oficinas, seminários, jornadas municipais, campanhas, entre outros. Desenvolve ações que ampliam o acesso ao diagnóstico e a prevenção da transmissão vertical do HIV, por meio do Projeto Nascer. Participa, ainda, dos trabalhos de prevenção entre adolescentes nas escolas, pelo projeto Saúde e Prevenção nas Escolas. Outro foco é coordenar uma rede de Centros Municipais de Testagem e Aconselhamento (CTA) e a distribuição de preservativos que é feita para todos os municípios do Estado

A assistência é feita por uma rede de Serviços de Assistência Especializada (SAE), capacitação de técnicos no manejo clínico dos pacientes, promoção de grupos de adesão, distribuição de medicamentos antiretrovirais e de medicamentos de infecções oportunistas. Os exames de CD4 e Carga Viral ainda são garantidos para todos os pacientes.

A Vigilância Epidemiológica dos casos de corrimento uretral em homem, sífilis adquirida, sífilis e HIV em gestantes, criança exposta, sífilis congênita e Aids em adultos e crianças é implementada a partir de oficinas e treinamentos para profissionais das regionais, dos municípios e dos serviços de saúde. A análise dos dados permite a elaboração de boletins que são publicados e possibilita a disseminação das informações.