Órgãos colegiados são aqueles em que há representações diversas e as decisões são tomadas em grupo, com o aproveitamento de experiências diferenciadas. São de caráter permanente e deliberativo, com funções de formular estratégias, controlar e fiscalizar a execução da política de saúde.
 
São conhecidos pelos nomes de Conselhos e Comissões. Os órgãos colegiados da Secretaria Estadual de Saúde são: Conselho Estadual de Saúde (CES); Conselho dos Secretários Municipais de Saúde (Cosems); Conselho Nacional dos Secretários Estaduais de Saúde (Conass); e Comissão Intergestora Bipartite (CIB).